1936年10月24日，马鸿逵向蒋介石呈递《剿共意见书》，要求先“剿”陕北，再“剿”其他。并建议蒋介石，要张学良(时为西北“剿总”代总司令)严督各路军队同时猛攻，令陈诚所部向三边进击。当时，胡宗南之第一师进驻同心县的韦州、惠安堡，11月间，在环县萌城、山城堡被红军歼灭三旅之众。不久，“双十二”事件发生，蒋、马围攻陕北红军的企图，才为之一挫。

    马鸿逵对于“双十二”事件的态度，在初期，由于胜负谁属，尚未可知，一时惊恐慌乱，不知所措，迟迟不敢表明态度。到何应钦就任“讨逆军总司令”，出兵陕、洛，端纳、宋美龄、宋子文相继飞陕以后，马觉得蒋介石回京有望，便于12月16日倒填日期，通电“中央”，主张“讨伐”。继于16日致电张学良，“责令”护送蒋介石回京。

    12月25日，蒋介石回到南京，马鸿逵立令省会军民开会游行庆祝。1937年2月，蒋介石因马拥护“中央”有功，遂以陆军一六八师的正式番号调换了新七师的番号，另给马增编一个独立旅。马即以马全良为独立第十旅旅长，卢忠良、马英才和他的二儿子马敦静，分任一六八师一、二、三旅旅长，以马光宗、马义忠为骑兵一、二旅旅长，另编两个警备旅，以马宝琳、马得贵分任旅长，并以他的儿子马敦厚为特务团团长。1936年底，他以步骑兵分成两线，南起海原之兴仁堡，北至鄂托克旗新召，对陕北解放区进行封锁。

    卢沟桥事变爆发，日寇侵占绥包。马鸿逵这时已有步、骑兵八旅之众，但却借口防共，不肯出兵抗日。以后为形势所迫，才派骑兵第一旅旅长马光宗为中将骑兵指挥官，率骑兵第一、二两旅，集结临河城内，以警备二旅置于三盛公一带，名为抗日，实则看风使舵。这时，蒋介石以朱绍良为第八战区司令长官，以傅作义、马鸿逵为副司令长官。又将马鸿逵的十五路军和马鸿宾的三十五师合编为第十七集团军，以马鸿逵为总司令，马鸿宾为副总司令兼八十一军军长和绥西防守司令。

    1940年1月，日寇为策应对华中方面的攻势，以二十六师团为主力，向绥西五原、临河进犯。马鸿逵部仅骑兵一旅与马鸿宾的八十一军在乌镇、五原梅令庙一带，进行抵抗，后撤至磴口、三盛公一带。马之警备二旅旅长马得贵、团长马元宝等，在绥西平日作威作福，杀人越货，及日寇西犯，即行后撤。马鸿逵远在宁夏，也惊恐万状，遣送家属至兰州，并准备将省府撤至甘肃靖远。将历年搜刮的大烟、皮毛等物资，日夜不停地向甘肃运送。民间车、马、驼、驴等运输工具，被征调一空。后因日寇至乌拉河、黄羊木头再未前进，马鸿逵才定下神来，只留骑兵第二旅在黄羊木头以西，担任边境警戒，其余部队全部撤回宁夏。自此以后，他便以全力封锁边区，再未出兵参加抗战。但在傅作义部收复五原后，马鸿逵却说是他的第十七集团军协同傅作义部“光复五、临，造成绥西大捷，开抗战以来收复失地之先河。”

    1939年，蒋介石为了加紧反共，给马鸿逵增加了一个暂九师的编制。以后这个师长期驻守灵武，负责封锁边区。

    1942年，蒋介石偕陈诚、朱绍良等来宁夏，召集八战区高级警官在宁夏省城（今银川市）开会。傅作义及绥西各军、师长均参加，马鸿逵部团长以上的军官也列席。蒋名为布置抗日军事，实际是为了布置反共。马主力反共重于抗战，并力表自己12年来封锁边区的功绩。在蒋介石住宁期间，马鸿逵常于夜间亲查岗哨，严密警卫，以示忠诚。有一夜蒋问：“外边何人?”马答：“鸿逵。”马的四夫人刘慕侠，在宋美龄面前，更恭谨备至，曲意奉承，并向蒋介石夫妇敬献龙凤黄绸睡衣，为马的二儿子马敦静谋求军长职衔。

    蒋回重庆后，马又派苏连元以重礼送何应钦、宋子文、陈诚等。因而1943年秋，蒋介石政部又给马增一暂编三十一师的番号，并任命马敦静为十一军军长。马又以其长子马敦厚为保安处处长。保安处原辖3个团，马敦厚扩充到7个步兵团、1个骑兵团，兵力仅次于十一军。以后，又以马敦厚长子马家骅(仅17岁)为保安处一团团长，并暗中保为一八九师师长。

    1945年，日本投降，抗战胜利，马鸿逵正拥妾携婢，避暑于贺兰山小口子。消息传来，广大人民，笑逐颜开，欢庆胜利。马鸿逵却终日忧郁，直到秋凉，还在那里“避暑”，不肯下山。以后他召集他的军政大员讲话时说：“抗战胜利得太快了，共产党不但没有消灭，反而力量更大了。中国不亡于日本，要亡于共产党!”